obsidian和zotero联动
前言
看了好多obsidian和zotero联动的视频和教程，终于还是下手了。
obsidian和zotero之所有能够完美联动，很大程度上建立在这两个软件都有这活跃的第三方插件市场，只要肯花功夫挖掘，我相信是能玩出花来的。
网上的多数联动是基于Better BibTex（zotero）、Zotero Obsidian Citations（zotero）和BibNotes Formatter（obsidian）这三个插件的，但是在将笔记导入obsidian后，如果zotero有数据的更新，则需要重新将笔记导入到obsidian中，而本文将通过Bibnotes Formatter（obsidian）、zotero-better-bibtex（zotero）和MarkDBConnect（zotero）这三款插件实现obsidian和zotero的同步更新，梦幻联动（妈妈再也不用担心我的学习了）。
一、安装zotero-better-bibtex插件
- 下载插件
在官网下载最新的.xpi文件
- 安装插件
打开zotero，工具——>插件——>点击弹窗的右上角——>选择install add-on from file——>选择刚才下载的.xpi文件——>点击打开
- 配置插件
打开zotero的编辑——>首选项，进行zotero-better-bibtex的配置
- Citation keys
Citation keys用于后面obsidian笔记的命名和zotero和obsidian的联动，可以自己设置格式，这里设置为auth.lower + shorttitle(3,3) + year - Export
设置哪些字段不导出
二、安装Bibnotes Formatter插件
- 下载插件
在官方地址下载zip文件(很奇怪，这个插件在社区插件市场中居然没有，这是我没有想到的)
- 安装插件
将解压后文件夹复制到Ob仓库/.obsidian/plugins中（.obsidian是隐藏文件夹），重启obsidian即可。
- 配置插件
在第三方插件页面激活安装的Bibnotes Formatter插件
- 从zotero中导出.json文件
打开zotero，点击文件——>导出文献库（整个zotero文献库）
选择导出格式为”BetterBibTeX JSON“
选择”导出笔记“和”Keep updated“（导出文件会使JSON文件很大，因此不勾选，为在添加/删除/修改条目后自动更新导出的库，需要勾选”Keep updated“）
将json文件放在obsidian中创建zotero笔记文件夹下（没有多大，所以不用担心内存问题），在Better BibTeX的设置中可以查看和更改json的路径
- 将json文件的路径写入Bibnotes Formatter中
第一个是json文件路劲，第二个是笔记保存路径（注意：都是相对路径）
- 自定义笔记模板
# {{title}}## Metadata
- **CiteKey**: {{citekey}}- **Type**: {{itemType}}- **Title**: {{title}}, - **Author**: {{author}}, - **Year**: {{year}} ;
- **Journal**: {{publicationTitle}},
- **Pages**: {{pages}}
- **Publisher**: {{publisher}},
- **Location**: {{place}},
- **DOI**: {{DOI}}
------## Files and Links
- **Url**: [Open online]({{url}})
- **zotero entry**: {{localLibrary}}
- **open pdf**: {{file}}- **Keywords**: {{keywordsAll}}## Abstract
{{abstractNote}}----## Comments
{{UserNotes}}----## Extracted Annotations
{{PDFNotes}}
****## Summary## Research Objective(s)## Background / Problem Statement## Method(s)## Evaluation## Conclusion## NotesBibnotes Formatter插件默认使用电脑自带的PDF阅读器打开PDF文件，因此需要对插件做一定的修改。打开插件文件中的main.js文件，找到其中的createLocalFileLink()函数，用下面的代码替换
function createLocalFileLink(reference2) {if (reference2.attachments.length == 0)return "{{localFile}}";const filesList = [];for (let attachmentindex = 0; attachmentindex < reference2.attachments.length; attachmentindex++) {if (reference2.attachments[attachmentindex].itemType !== "attachment")continue;// if (reference2.attachments[attachmentindex].path == void 0) {// reference2.attachments[attachmentindex].path = "";// }// const attachmentPathCorrected = reference2.attachments[attachmentindex].path.replaceAll(" ", "%20");// const selectedfile = "[" + reference2.attachments[attachmentindex].title + "](file://" + attachmentPathCorrected + ")";if (reference2.attachments[attachmentindex].uri == void 0) {reference2.attachments[attachmentindex].uri = "";}const selectedfileUri = reference2.attachments[attachmentindex].uriconst attachmentKey = selectedfileUri.split('/')[selectedfileUri.split('/').length - 1]selectedfile = "[" + reference2.attachments[attachmentindex].title + "](zotero://select/library/items/" + attachmentKey + ")";if (reference2.attachments[attachmentindex].title.endsWith('pdf')) {selectedfile = selectedfile.replaceAll("zotero://select/","zotero://open-pdf/");}filesList.push(selectedfile);}const filesListString = filesList.join("; ");return filesListString;
}替换效果如下：
三、安装MarkDBConnect插件
-
下载插件
在官网下载.xpi文件
-
安装插件
与zotero-better-bibtex插件的安装方法一样，这里不再赘述。 -
配置插件
打开zotero，点击工具——>MarkDBConnect Preferences，进入配置页面，填写Bibnotes Formatter文献笔记的保存路径（也就是obsidian的文献笔记路径）
应用
- 打开obsidian，Ctrl+P调出命令面板，输入bib，选择
BibNotes Formatter: Create/Update Literature Note，然后选择想要阅读的文献即可
BibNotes Formatter共有两条命令：
-
BibNotes Formatter: Update Library
生成/更新自从上一次执行此命令以来，在zotero中修改的所有笔记。
如果第一次选择此命令，插件将为导入所有条目创建/更新文献信息。 -
BibNotes Formatter: Create/Update Literature Note
选择文献并生成对应的文献笔记。如果笔记已经存在，其内容将被更新，不会被覆盖。第一项是为文献库中的所有文献创建笔记（慎点）
- 按照上述方法操作会在设置的文献笔记保存路径下生成一个名为{{citeKey}}的md文件，如下图所示，在此文件中会自动提取你在zotero自带阅读器中所做的笔记
- 使用MarkDBConnect插件将zotero文献链接到obsidian中的笔记文件
- 点击zotero菜单栏中的工具——>MarkDBConnect Sync Tags，插件会自动找到已在obsidian中生成的md笔记文件并与对应的文献关联
- 关联以后即可从zotero中打开obsidian生成的文献笔记（右击已关联文献笔记的文献条目）
- 在阅读完一篇论文时，可能会在论文中做许多标记，此时右击选择”从注释中添加笔记“会将pdf中做的笔记和高亮部分提取出来，然后在obsidian中运行再次运行BibNotes Formatter: Create/Update Literature Note命令即可将更改的信息全部同步至obsidian文献笔记中，不会覆盖前一次的笔记，同时也会记录每一次的阅读笔记，当然也可以在阅读完文献以后再生成阅读笔记，此过程可反复操作
至此zotero和Obsidian的联动就完成了，可以很方便地在两个软件中进行双向链接
参考：https://blog.csdn.net/qq_43309940/article/details/125150487