要安全地在Java和JavaScript之间共享文件和数据，可以使用以下方法：

1. 使用Java的File类读取文件，然后将文件内容转换为字符串或字节数组。然后，使用Java的ScriptEngine类执行JavaScript代码，并将文件内容作为参数传递给JavaScript函数。例如：

import javax.script.*;

public class FileSharingExample {
    public static void main(String[] args) throws Exception {
        // 读取文件内容
        String fileContent = readFile("path/to/file.txt");

        // 创建JavaScript引擎
        ScriptEngineManager manager = new ScriptEngineManager();
        ScriptEngine engine = manager.getEngineByName("javascript");

        // 将文件内容作为参数传递给JavaScript函数
        engine.eval("var fileContent = '" + fileContent + "';" +
                    "console.log(fileContent);");
    }

    public static String readFile(String filePath) throws IOException {
        // 使用File类读取文件内容
        File file = new File(filePath);
        byte[] fileData = Files.readAllBytes(file.toPath());
        return new String(fileData, StandardCharsets.UTF_8);
    }
}

2. 使用Java的ScriptEngine类执行JavaScript代码，并使用Java的Bindings类将数据传递给JavaScript。JavaScript代码可以通过全局变量或函数参数访问传递的数据。例如：

import javax.script.*;

public class DataSharingExample {
    public static void main(String[] args) throws Exception {
        // 创建JavaScript引擎
        ScriptEngineManager manager = new ScriptEngineManager();
        ScriptEngine engine = manager.getEngineByName("javascript");

        // 创建数据对象
        DataObject data = new DataObject("Hello, Java!");

        // 将数据传递给JavaScript
        engine.put("data", data);

        // 执行JavaScript代码
        engine.eval("console.log(data.message);");
    }
}

class DataObject {
    public String message;

    public DataObject(String message) {
        this.message = message;
    }
}

这些示例演示了如何在Java和JavaScript之间安全地共享文件和数据。请注意，在实际应用中，需要适当处理异常、验证输入等，以确保安全性和稳定性。