在Java中，可以使用以下方法安全地停止所有正在运行的线程：

1. 使用一个布尔标志来控制线程的运行状态，当需要停止线程时，将该标志设置为false。在线程的run方法中，使用这个标志来判断是否继续执行任务。

public class MyThread extends Thread {
    private volatile boolean isRunning = true;

    public void stopThread() {
        isRunning = false;
    }

    @Override
    public void run() {
        while (isRunning) {
            // 执行线程任务
        }
        // 线程停止后的清理工作
    }
}

2. 使用Thread的interrupt()方法。在需要停止线程的地方，调用线程对象的interrupt()方法来中断线程。在线程的run方法中，通过检查线程的中断状态来判断是否继续执行任务。

public class MyThread extends Thread {
    @Override
    public void run() {
        while (!Thread.currentThread().isInterrupted()) {
            // 执行线程任务
        }
        // 线程停止后的清理工作
    }
}

3. 使用ExecutorService来管理线程池中的线程。可以通过调用ExecutorService的shutdown()方法来停止线程池中的所有线程。

ExecutorService executorService = Executors.newFixedThreadPool(10);
// 执行线程池中的任务

// 停止线程池中的所有线程
executorService.shutdown();

注意：以上方法只能安全地停止正在运行的线程，但不能保证线程的状态一定是可预期的。在编写多线程代码时，应尽量避免直接使用线程的stop()方法来停止线程，因为它可能会导致线程处于不一致的状态，造成数据的错误或资源泄漏。