并行化使用OpenMP的Needleman-Wunsch算法
创始人
2024-12-18 18:00:50
0

Needleman-Wunsch算法是一种常用于比对两个字符串的算法。该算法的串行实现效率较低,因此可以通过使用OpenMP进行并行化来提高效率。

以下是基于OpenMP的Needleman-Wunsch算法的示例代码:

#include 
#include 
#include 
#include 

int max(int a, int b, int c) {
    int m = a;
    if (b > m) m = b;
    if (c > m) m = c;
    return m;
}

int main() {
    char *s1 = "AGTACGCA";
    char *s2 = "TATGC";

    int n = strlen(s1);
    int m = strlen(s2);

    int **score = (int**) calloc(n+1, sizeof(int*));
    for (int i = 0; i <= n; i++) {
        score[i] = (int*) calloc(m+1, sizeof(int));
    }

    int gap_penalty = -2;
    int match_score = 2;
    int mismatch_score = -1;

    double start_time = omp_get_wtime();

    // Initialize the score matrix
    for (int i = 1; i <= n; i++) {
        score[i][0] = i * gap_penalty;
    }
    for (int j = 1; j <= m; j++) {
        score[0][j] = j * gap_penalty;
    }

    // Compute the score matrix
    #pragma omp parallel for
    for (int i = 1; i <= n; i++) {
        for (int j = 1; j <= m; j++) {
            int match = score[i-1][j-1] + (s1[i-1] == s2[j-1] ? match_score : mismatch_score);
            int delete = score[i-1][j] + gap_penalty;
            int insert = score[i][j-1] + gap_penalty;
            score[i][j] = max(match, delete, insert);
        }
    }

    double end_time = omp_get_wtime();
    printf("Time: %f\n", end_time - start_time);

    // Print the score matrix
    for (int i = 0; i <= n; i++) {
        for (int j = 0; j <= m; j++) {
            printf("%d ", score[i][j]);
        }
        printf("\n");
    }

    // Free memory
    for (int i = 0; i <= n; i++) {
        free(score[i]);
    }
    free(score);

    return 0;
}

在此示例中,我们使用OpenMP的“parallel for”指令并行化了计算得分矩阵的循环。因此,对于每个i,j的组合,都会生成一个线程来计算它们的得分。

值得注意的是,并行化Needleman-Wunsch算法并不能总是

相关内容

热门资讯

银河麒麟V10SP1高级服务器... 银河麒麟高级服务器操作系统简介: 银河麒麟高级服务器操作系统V10是针对企业级关键业务...
【NI Multisim 14...   目录 序言 一、工具栏 🍊1.“标准”工具栏 🍊 2.视图工具...
不能访问光猫的的管理页面 光猫是现代家庭宽带网络的重要组成部分,它可以提供高速稳定的网络连接。但是,有时候我们会遇到不能访问光...
AWSECS:访问外部网络时出... 如果您在AWS ECS中部署了应用程序,并且该应用程序需要访问外部网络,但是无法正常访问,可能是因为...
Android|无法访问或保存... 这个问题可能是由于权限设置不正确导致的。您需要在应用程序清单文件中添加以下代码来请求适当的权限:此外...
北信源内网安全管理卸载 北信源内网安全管理是一款网络安全管理软件,主要用于保护内网安全。在日常使用过程中,卸载该软件是一种常...
AWSElasticBeans... 在Dockerfile中手动配置nginx反向代理。例如,在Dockerfile中添加以下代码:FR...
AsusVivobook无法开... 首先,我们可以尝试重置BIOS(Basic Input/Output System)来解决这个问题。...
ASM贪吃蛇游戏-解决错误的问... 要解决ASM贪吃蛇游戏中的错误问题,你可以按照以下步骤进行:首先,确定错误的具体表现和问题所在。在贪...
月入8000+的steam搬砖... 大家好,我是阿阳 今天要给大家介绍的是 steam 游戏搬砖项目,目前...