BLASThit表格返回非重复结果的重复函数
创始人
2024-12-20 09:30:42
0

在BLAST查询脚本中使用Python的collections库中的OrderedDict数据结构,以确保返回的BLAST结果不会重复:

from Bio.Blast.Applications import NcbiblastpCommandline
from Bio.Blast import NCBIXML
from collections import OrderedDict

blout_file = "output.blast"
fasta_file = "sequences.fasta"

blastp_cline = NcbiblastpCommandline(query=fasta_file, db="nr", outfmt=5, out=blout_file)
stdout, stderr = blastp_cline()

blast_records = NCBIXML.parse(open(blout_file))

unique_hits = {}

for blast_record in blast_records:
    seq_id = blast_record.query_id
    unique_hits[seq_id] = OrderedDict()
    for alignment in blast_record.alignments:
        hit_id = alignment.hit_id
        hit_len = alignment.length
        if hit_id not in unique_hits[seq_id]:
            unique_hits[seq_id][hit_id] = {"length": hit_len, "evalue": []}
        unique_hits[seq_id][hit_id]["evalue"].append(alignment.hsps[0].expect)

for query_id, hit_dict in unique_hits.items():
    for hit_id, values in hit_dict.items():
        print(query_id, hit_id, values["length"], min(values["evalue"]))

这个示例BLAST查询使用BLAST+软件包从“nr”数据库中查询多个DNA或蛋白质序列。现在,我们可以使用标准的Python集合和字典来存储BLAST结果,并使用collections库的OrderedDict确保唯一结果。 最后,代码会打印所有查询序列的独特BLAST正常化结果。

相关内容

热门资讯

AWSECS:访问外部网络时出... 如果您在AWS ECS中部署了应用程序,并且该应用程序需要访问外部网络,但是无法正常访问,可能是因为...
AWSElasticBeans... 在Dockerfile中手动配置nginx反向代理。例如,在Dockerfile中添加以下代码:FR...
AWR报告解读 WORKLOAD REPOSITORY PDB report (PDB snapshots) AW...
AWS管理控制台菜单和权限 要在AWS管理控制台中创建菜单和权限,您可以使用AWS Identity and Access Ma...
北信源内网安全管理卸载 北信源内网安全管理是一款网络安全管理软件,主要用于保护内网安全。在日常使用过程中,卸载该软件是一种常...
​ToDesk 远程工具安装及... 目录 前言 ToDesk 优势 ToDesk 下载安装 ToDesk 功能展示 文件传输 设备链接 ...
Azure构建流程(Power... 这可能是由于配置错误导致的问题。请检查构建流程任务中的“发布构建制品”步骤,确保正确配置了“Arti...
群晖外网访问终极解决方法:IP... 写在前面的话 受够了群晖的quickconnet的小水管了,急需一个新的解决方法&#x...
AWSECS:哪种网络模式具有... 使用AWS ECS中的awsvpc网络模式来获得最佳性能。awsvpc网络模式允许ECS任务直接在V...
不能访问光猫的的管理页面 光猫是现代家庭宽带网络的重要组成部分,它可以提供高速稳定的网络连接。但是,有时候我们会遇到不能访问光...