在Java中，可以使用以下方法安全地暂停线程：

1. 使用volatile关键字：

public class MyThread extends Thread {
    private volatile boolean isPaused;

    public void pauseThread() {
        isPaused = true;
    }

    public void resumeThread() {
        isPaused = false;
        synchronized (this) {
            notify();
        }
    }

    public void run() {
        while (true) {
            // 执行线程任务
            // ...

            // 检查是否需要暂停线程
            while (isPaused) {
                synchronized (this) {
                    try {
                        wait();
                    } catch (InterruptedException e) {
                        e.printStackTrace();
                    }
                }
            }
        }
    }
}

2. 使用wait()和notify()方法：

public class MyThread extends Thread {
    private boolean isPaused;

    public synchronized void pauseThread() {
        isPaused = true;
    }

    public synchronized void resumeThread() {
        isPaused = false;
        notify();
    }

    public void run() {
        while (true) {
            // 执行线程任务
            // ...

            // 检查是否需要暂停线程
            synchronized (this) {
                while (isPaused) {
                    try {
                        wait();
                    } catch (InterruptedException e) {
                        e.printStackTrace();
                    }
                }
            }
        }
    }
}

这两种方法都使用一个boolean变量来标记线程是否需要暂停。当需要暂停线程时，将该变量设置为true，在线程的执行部分进行检查。若变量为true，则线程进入等待状态，直到被唤醒并且变量为false才会继续执行。暂停线程的方法通过设置boolean变量的值来实现，恢复线程的方法通过唤醒线程并设置boolean变量的值来实现。