问题可能出在使用了Arrays.asList()方法将数组转换为列表后，再使用indexOf()方法时出现的。Arrays.asList()方法返回的是一个固定大小的列表，不支持修改操作，包括添加、删除和修改元素。因此，indexOf()方法可能无法返回正确的索引。

解决方法是使用ArrayList来创建列表，而不是使用Arrays.asList()方法。ArrayList是一个可变大小的列表，支持修改操作。

下面是一个使用ArrayList来解决问题的示例代码：

import java.util.ArrayList;
import java.util.List;

public class Main {
    public static void main(String[] args) {
        String[] arr = {"a", "b", "c", "d", "e"};
        
        // 使用ArrayList创建列表
        List list = new ArrayList<>(Arrays.asList(arr));
        
        // 使用indexOf()方法查找元素的索引
        int index = list.indexOf("c");
        
        System.out.println("元素c的索引为：" + index);
    }
}

在上面的代码中，我们先使用Arrays.asList(arr)将数组转换为一个固定大小的列表，然后使用ArrayList的构造方法将其转换为一个可变大小的列表。接着，我们可以使用indexOf()方法来查找元素的索引。输出结果将会是元素"c"的索引为2。