在ASP.NET Boilerplate中，如果实体已被删除，但仍然保存了该实体，可以通过以下步骤解决：

1. 确保实体已被正确删除。可以通过查看数据库或使用其他方法来验证实体的删除状态。

2. 在保存实体之前，使用Get方法获取实体的最新状态，并验证实体是否已被删除。如果实体已被删除，请不要保存该实体。

例如，在使用ASP.NET Boilerplate的应用程序中，可以在应用服务中实现以下代码：

public class MyEntityAppService : ApplicationService
{
    private readonly IRepository _myEntityRepository;

    public MyEntityAppService(IRepository myEntityRepository)
    {
        _myEntityRepository = myEntityRepository;
    }

    public void SaveMyEntity(MyEntityDto input)
    {
        var existingEntity = _myEntityRepository.Get(input.Id);

        if (existingEntity != null && existingEntity.IsDeleted)
        {
            throw new UserFriendlyException("该实体已被删除，无法保存。");
        }

        // 如果需要更新现有实体的属性，请在此处进行更改

        _myEntityRepository.InsertOrUpdate(existingEntity);
    }
}

在上面的示例中，我们首先使用Get方法获取实体的最新状态。然后，我们检查实体是否存在且是否已被删除。如果实体存在且已被删除，我们抛出一个用户友好的异常。否则，我们可以在需要的时候更新实体的属性，并使用InsertOrUpdate方法保存实体。

通过这种方式，我们可以确保不会错误地将已删除的实体保存在数据库中。