当使用AWS Amplify CLI设置CloudFront和S3时，有一些限制需要考虑。下面是一些解决方案和代码示例：

1. 存储桶名称必须全球唯一：S3存储桶名称必须在全球范围内是唯一的。如果名称已被使用，则需要选择其他名称。

2. 存储桶必须是公共可访问的：Amplify CLI需要将S3存储桶设置为公共可访问。这可以通过以下方式完成：

aws s3api put-public-access-block \
  --bucket  \
  --public-access-block-configuration "BlockPublicAcls=false,IgnorePublicAcls=false,BlockPublicPolicy=false,RestrictPublicBuckets=false"

3. CloudFront分配到默认域名：Amplify CLI会将CloudFront分配给自动创建的默认域名。如果你希望使用自定义域名，可以手动配置CloudFront分配。以下是一个使用AWS CLI命令的示例：

aws amplify update-app \
  --app-id  \
  --domain-name 

4. CDN缓存问题：在部署更改后，CloudFront可能会缓存旧版本的应用程序。这可以通过在buildspec.yml文件中添加以下行来解决：

version: 0.2
phases:
  build:
    commands:
      - aws configure set preview.cloudfront true
  post_build:
    commands:
      - aws cloudfront create-invalidation --distribution-id  --paths "/*"

这将创建一个CloudFront失效，以便在每次部署后刷新缓存。

请注意，上述代码示例中的参数需要根据你的实际情况进行替换。