在AWS API Gateway中，可以使用AWS Certificate Manager (ACM)来管理和使用SSL/TLS证书，并将它们与API Gateway的自定义域名关联起来。下面是一个示例代码，展示如何使用AWS CLI命令行工具来创建API Gateway和自定义域名，并将证书与域名关联起来：

1. 创建API Gateway:

aws apigateway create-rest-api --name MyAPI --region us-west-2

2. 创建自定义域名:

aws apigateway create-domain-name --domain-name api.example.com --regional-certificate-arn arn:aws:acm:us-west-2:123456789012:certificate/abcdefg --security-policy TLS_1_2 --endpoint-configuration Types=REGIONAL

在上面的命令中，--domain-name参数指定了自定义域名，--regional-certificate-arn参数指定了与域名关联的证书的ARN，--security-policy参数指定了安全策略，--endpoint-configuration参数指定了API Gateway的端点配置类型。

请注意，--regional-certificate-arn参数的值应该是ACM中你自己的证书的ARN，你需要将其替换为你自己的证书ARN。

3. 将域名关联到API Gateway:

aws apigateway create-base-path-mapping --domain-name api.example.com --rest-api-id abcdefg --stage production

在上面的命令中，--domain-name参数指定了自定义域名，--rest-api-id参数指定了API Gateway的ID，--stage参数指定了API Gateway的阶段。

通过以上步骤，你就可以将自定义域名关联到API Gateway，并将证书与域名关联起来。请确保你已经正确配置了ACM证书和域名，以及具备足够的AWS CLI权限来执行这些操作。