要将AWS CloudFront和S3上的Apple应用程序网站关联起来，可以按照以下步骤进行操作：

1. 在AWS管理控制台中，打开CloudFront服务页面。
2. 点击“创建分发”按钮。
3. 在“分发设置”页面，选择“Web”作为分发类型。
4. 在“源”设置中，选择“S3 bucket”并从下拉列表中选择您的S3 bucket。
5. 根据需要配置其他选项，如“默认根对象”、“行为”等。
6. 点击“创建分发”按钮完成CloudFront分发的创建。

接下来，您可以使用以下示例代码来解决关联问题：

在您的S3 bucket中创建一个JSON文件，命名为apple-app-site-association。该文件用于关联您的Apple应用程序。

示例apple-app-site-association文件内容：

{
  "applinks": {
    "apps": [],
    "details": [
      {
        "appID": "YOUR_APP_ID",
        "paths": [
          "/path1/*",
          "/path2/*"
        ]
      }
    ]
  }
}

请将YOUR_APP_ID替换为您的Apple应用程序的ID。将/path1/*和/path2/*替换为您想要关联的路径。

然后，将apple-app-site-association文件上传到您的S3 bucket中。

确保您的S3 bucket和文件具有适当的权限，以便CloudFront可以访问该文件。

最后，在您的域名的DNS设置中，添加一个CNAME记录，将您的CloudFront分发的域名与您的域名关联起来。

完成以上步骤后，您的Apple应用程序应该能够正确关联到AWS CloudFront和S3上的网站了。