AWS CodeBuild是一个完全托管的持续集成和持续交付服务，用于构建、测试和部署应用程序。在使用AWS CodeBuild时，确实不能直接运行.ebextension配置文件，因为.ebextension配置文件是由AWS Elastic Beanstalk用于配置和部署应用程序的。

如果您想在AWS CodeBuild中执行.ebextension配置文件中的命令，可以使用AWS CodeBuild提供的自定义构建镜像功能。您可以自定义构建镜像来包含您需要的运行环境和工具，并在构建过程中执行.ebextension配置文件。

以下是一个示例的解决方法，展示了如何在AWS CodeBuild中使用自定义构建镜像来执行.ebextension配置文件：

1. 创建一个Dockerfile，用于构建自定义构建镜像。在Dockerfile中，您可以指定您需要的运行环境和工具，并将.ebextension配置文件复制到镜像中。

FROM amazonlinux:latest

# 安装所需的软件包和依赖项
RUN yum install -y 

# 复制.ebextension配置文件到镜像中
COPY .ebextensions /app/.ebextensions

# 设置工作目录
WORKDIR /app

# 在构建过程中执行.ebextension配置文件
RUN eb deploy

2. 构建并推送自定义构建镜像到Amazon Elastic Container Registry (ECR) 或其他容器注册表中。

3. 在AWS CodeBuild项目中，使用自定义构建镜像作为构建环境。

version: 0.2

phases:
  install:
    commands:
      - echo Installing additional dependencies...
      - 

  build:
    commands:
      - echo Building and deploying application...
      - docker build -t  .
      - docker push 

artifacts:
  files:
    - '**/*'

在这个示例中，我们首先安装任何需要的附加依赖项，然后构建和推送自定义构建镜像。最后，将构建和部署应用程序的命令添加到构建阶段中，并将自定义构建镜像作为构建环境。

这样，AWS CodeBuild将使用自定义构建镜像来执行构建过程，并在构建过程中执行.ebextension配置文件中的命令。

请注意，以上示例仅供参考，您需要根据您的实际需求进行调整和修改。