在AWS CodeDeploy中，有时在Windows Server 2016上执行ApplicationStop阶段时会出现卡顿的情况。这个问题可能是由于应用程序的某些进程或服务未能正确关闭导致的。下面是一个可能的解决方法，你可以尝试在CodeDeploy部署配置文件中添加以下脚本来停止应用程序：

version: 0.0
os: windows
files:
  - source: .\app\
    destination: C:\inetpub\wwwroot\app
hooks:
  ApplicationStop:
    - location: .\stopApp.ps1
      timeout: 1800
      runas: Administrator

然后在与部署文件相同的目录下，创建一个名为stopApp.ps1的PowerShell脚本文件，内容如下：

$processName = "your_process_name"

# Stop any running processes with the specified name
$process = Get-Process -Name $processName -ErrorAction SilentlyContinue
if ($process) {
    Write-Host "Stopping $processName..."
    Stop-Process -Name $processName -Force
    Start-Sleep -Seconds 10
    Write-Host "$processName stopped."
}

请确保将your_process_name替换为你的应用程序进程的名称。如果你有多个进程需要停止，可以在脚本中添加适当的逻辑。

以上脚本将在ApplicationStop阶段执行，并尝试关闭指定名称的进程。CodeDeploy将等待1800秒（30分钟）等待脚本执行完成。你可以根据实际情况调整此超时时间。

这样，当CodeDeploy执行ApplicationStop阶段时，它将尝试关闭应用程序进程，从而解决了卡顿问题。