在AWS Elastic Beanstalk中，如果你的应用程序是使用Go语言编写的，并且在构建过程中出现了错误：“$GOPATH/go.mod存在但不应该存在”，你可以按照以下步骤解决：

1. 确保你的项目目录结构正确，按照Go语言的推荐方式组织代码。在根目录下应该有一个go.mod文件，并且应用程序代码应该位于正确的目录中。

2. 检查你的.ebextensions目录下是否有自定义的配置文件。如果有，请打开其中的文件，查找是否有container_commands配置块，其中存在rm命令删除$GOPATH/go.mod文件。如果存在，请将该命令删除或注释掉。

3. 检查你的.ebignore文件是否正确配置。.ebignore文件用于指定哪些文件和目录不应包含在Elastic Beanstalk的部署包中。确保该文件中没有包含$GOPATH或go.mod。

4. 确保你的应用程序的依赖管理工具（如Go Modules）已正确初始化并生成了正确的go.mod文件。你可以在开发环境中手动执行go mod init命令来初始化依赖管理。

5. 如果你使用了自定义构建脚本，检查其中是否有错误或不正确的命令导致了$GOPATH/go.mod文件的创建。确保你的构建脚本没有覆盖了Elastic Beanstalk的默认构建过程。

以上是一般情况下解决“$GOPATH/go.mod存在但不应该存在”错误的方法。如果问题仍然存在，请检查AWS Elastic Beanstalk的文档和日志，以获取更详细的错误信息，并根据具体情况进行调试和排查。