在AWS ElasticBeanstalk中，使用CLI进行部署可以通过eb deploy命令完成。如果在配置多个模块时没有起作用，可能是由于以下几个原因：

1. 检查.ebextensions目录：在应用程序的根目录下，确保.ebextensions目录存在，并且其中包含正确的配置文件。这些配置文件使用YAML或JSON格式，并定义了要在部署期间执行的操作。例如，你可以在.ebextensions目录中创建一个名为"00_module1.config"的文件，其中包含与模块1相关的配置。

2. 检查配置文件的格式：确保配置文件的格式正确，其语法符合YAML或JSON规范。可以使用在线工具或本地编辑器来验证文件的格式。

3. 检查配置文件的位置：如果你的应用程序使用多个模块，每个模块的配置文件应该位于各自模块的子目录中。例如，如果你有两个模块module1和module2，则可以在.ebextensions目录下创建两个子目录module1和module2，并在每个子目录中放置相应的配置文件。

4. 检查配置文件的优先级：如果存在多个相同类型的配置文件（例如，多个".config"文件），则应用程序中的配置文件将按照特定的优先级顺序执行。确保你希望生效的配置文件具有正确的优先级。例如，如果你希望module1的配置先于module2执行，则可以将module1的配置文件命名为"01_module1.config"，而module2的配置文件命名为"02_module2.config"。

以下是一个示例解决方法，假设你的应用程序有两个模块module1和module2，你想要使用eb deploy命令部署它们：

1. 在应用程序的根目录下创建.ebextensions目录：

mkdir .ebextensions

2. 在.ebextensions目录下创建两个子目录module1和module2：

cd .ebextensions
mkdir module1 module2

3. 在module1目录下创建一个配置文件，例如"01_module1.config"，并添加与module1相关的配置：

option_settings:
  - namespace: aws:autoscaling:asg
    option_name: MinSize
    value: "2"
  - namespace: aws:autoscaling:asg
    option_name: MaxSize
    value: "5"

4. 在module2目录下创建一个配置文件，例如"02_module2.config"，并添加与module2相关的配置：

option_settings:
  - namespace: aws:elasticbeanstalk:environment
    option_name: EnvironmentType
    value: SingleInstance
  - namespace: aws:elasticbeanstalk:command
    option_name: BatchSize
    value: "100"

5. 使用eb deploy命令进行部署：

eb deploy

以上示例中，配置文件"01_module1.config"将在部署期间先于"02_module2.config"执行，并将模块1的最小/最大实例数设置为2和5，以及模块2的环境类型设置为单实例，并将批处理大小设置为100。

确保在使用eb deploy命令之前已经初始化了Elastic Beanstalk CLI，并处于正确的目录下，以便正确部署应用程序和配置。