在AWS RDS中，堆栈更新时，数据库集群通常会被替换。以下是一个使用AWS CloudFormation模板的例子，演示如何在堆栈更新时替换RDS数据库集群。

AWSTemplateFormatVersion: '2010-09-09'
Resources:
  MyDBInstance:
    Type: AWS::RDS::DBInstance
    Properties:
      Engine: mysql
      DBInstanceIdentifier: my-db-instance
      ...
  MyDBCluster:
    Type: AWS::RDS::DBCluster
    Properties:
      Engine: aurora
      DBClusterIdentifier: my-db-cluster
      ...

在这个例子中，MyDBInstance和MyDBCluster分别创建了一个RDS数据库实例和一个数据库集群。当堆栈更新时，如果你修改了MyDBInstance或MyDBCluster的属性，RDS数据库集群将会被替换。

请注意，堆栈更新始终会替换数据库集群是因为AWS RDS在更新数据库集群时没有in-place更新的功能。因此，任何对数据库集群的更改都要求替换整个集群。

你可以使用AWS CloudFormation的更新堆栈功能来更新RDS数据库集群。例如，你可以使用AWS CLI命令aws cloudformation update-stack更新堆栈。

aws cloudformation update-stack --stack-name my-rds-stack --template-body file://my-rds-stack.yaml

以上命令将使用名为my-rds-stack.yaml的CloudFormation模板更新名为my-rds-stack的堆栈。

请确保在更新堆栈之前，仔细检查和测试任何更改，以确保更新不会对现有的数据和应用程序产生不可逆的影响。