要解决这个问题，您可以尝试以下解决方法：

1. 检查IAM角色权限：确保您的EC2实例具有足够的权限以访问S3存储桶。您可以为EC2实例分配一个具有适当S3访问权限的IAM角色。

2. 检查S3存储桶权限：确保您的S3存储桶策略允许EC2实例访问并获取对象。您可以使用以下示例策略：

{
  "Version": "2012-10-17",
  "Statement": [
    {
      "Sid": "AllowGetObject",
      "Effect": "Allow",
      "Principal": {
        "AWS": "arn:aws:iam::YOUR_ACCOUNT_ID:role/YOUR_EC2_ROLE"
      },
      "Action": [
        "s3:GetObject"
      ],
      "Resource": "arn:aws:s3:::YOUR_BUCKET_NAME/*"
    }
  ]
}

请替换YOUR_ACCOUNT_ID为您的AWS账号ID，YOUR_EC2_ROLE为您的EC2实例的IAM角色名称，以及YOUR_BUCKET_NAME为您的S3存储桶名称。

3. 检查文件路径和名称：确保您在CloudFormation模板中指定的文件路径和名称与实际S3存储桶中的文件路径和名称匹配。请确保大小写也匹配。

4. 检查文件存在性：使用AWS CLI命令aws s3 ls s3://YOUR_BUCKET_NAME/FILE_PATH检查文件是否存在于S3存储桶中。确保文件路径和名称正确。

5. 检查AWS::CloudFormation::Init配置：检查您在CloudFormation模板中定义的AWS::CloudFormation::Init配置是否正确。确保您正确指定了文件的源路径和目标路径。以下是一个示例：

Resources:
  MyInstance:
    Type: AWS::EC2::Instance
    Properties:
      ...
      UserData:
        Fn::Base64: !Sub |
          #!/bin/bash -xe
          ...
          /opt/aws/bin/cfn-init -v --stack ${AWS::StackName} --resource MyInstance --region ${AWS::Region}
          ...
    Metadata:
      AWS::CloudFormation::Init:
        configSets:
          default:
            - myConfig
        myConfig:
          files:
            /path/to/target/file:
              source: !Sub "https://s3.amazonaws.com/YOUR_BUCKET_NAME/FILE_PATH"
              mode: "000755"
              owner: "root"
              group: "root"

请替换/path/to/target/file为文件的目标路径，YOUR_BUCKET_NAME为您的S3存储桶名称，以及FILE_PATH为文件的路径和名称。

6. 检查网络连接：确保您的EC2实例具有与S3存储桶通信的网络连接。如果您的EC2实例位于私有子网中，请确保您的VPC配置了与S3的连接。

如果您仍然遇到问题，请检查CloudFormation和EC2实例的日志以获取更多详细信息。