要使用Babel递归转译目录中的JS文件并覆盖相同文件，可以使用以下步骤：

1. 安装必要的依赖包：

   npm install --save-dev @babel/core @babel/cli @babel/preset-env
   

2. 在项目根目录下创建一个名为.babelrc的文件，并添加以下内容：

   {
     "presets": ["@babel/preset-env"]
   }
   

3. 创建一个名为babel.js的脚本文件，并添加以下代码：

   const babel = require('@babel/core');
   const fs = require('fs');
   const path = require('path');
   
   const inputDirectory = './src'; // 输入目录
   const outputDirectory = './dist'; // 输出目录
   
   function transpileFile(file) {
     const filePath = path.join(inputDirectory, file);
     const fileContent = fs.readFileSync(filePath, 'utf8');
     const transpiledCode = babel.transformSync(fileContent, {
       filename: file,
       presets: ['@babel/preset-env']
     }).code;
   
     const outputFilePath = path.join(outputDirectory, file);
     fs.writeFileSync(outputFilePath, transpiledCode, 'utf8');
   }
   
   function transpileDirectory(dir) {
     const files = fs.readdirSync(dir);
     files.forEach(file => {
       const filePath = path.join(dir, file);
       const stats = fs.statSync(filePath);
   
       if (stats.isDirectory()) {
         const subDirectory = path.join(dir, file);
         transpileDirectory(subDirectory);
       } else if (stats.isFile() && path.extname(filePath) === '.js') {
         transpileFile(file);
       }
     });
   }
   
   // 创建输出目录
   fs.mkdirSync(outputDirectory, { recursive: true });
   
   // 开始转译
   transpileDirectory(inputDirectory);
   

4. 运行以下命令，执行转译脚本：

   node babel.js
   

以上步骤将递归地转译./src目录中的所有JS文件，并将转译后的文件输出到./dist目录中，覆盖相同文件名的文件。