使用babel命令时，--copy-files选项会复制源文件目录中的所有文件，包括node_modules文件夹。这通常是不必要且浪费时间和空间的操作，因为node_modules通常是通过npm或类似工具安装的依赖项，不应该被复制。

要解决这个问题，可以使用以下方法之一：

1. 删除复制的node_modules文件夹：可以手动删除复制的node_modules文件夹。使用以下命令可以删除所有复制的node_modules文件夹：

find . -name "node_modules" -type d -exec rm -rf {} +

2. 使用.babelignore文件忽略node_modules文件夹：在项目根目录中创建一个名为.babelignore的文件，然后将node_modules添加到其中。.babelignore文件用于指定babel命令应该忽略的文件和文件夹。示例.babelignore文件内容如下：

node_modules/

当使用babel命令时，它将忽略node_modules文件夹并不会复制它。

3. 在package.json中配置.babelrc文件：在package.json文件中的babel字段下添加一个ignore字段，将node_modules添加到其中。示例package.json文件内容如下：

{
  "name": "your-project",
  "version": "1.0.0",
  "scripts": {
    "build": "babel . --copy-files"
  },
  "babel": {
    "ignore": [
      "node_modules"
    ]
  }
}

在运行npm run build命令时，babel将忽略node_modules文件夹并不会复制它。

使用上述任一方法可以解决通过babel . --copy-files错误地复制node_modules的问题。