以下是一个示例解决方法，使用Python编写：

import os
import shutil

def copy_files(src_dir, dst_dir):
    # 遍历源目录中的所有文件和子目录
    for root, dirs, files in os.walk(src_dir):
        # 获取相对路径（相对于源目录）
        relative_path = os.path.relpath(root, src_dir)
        # 构建目标目录的路径
        dst_path = os.path.join(dst_dir, relative_path)
        # 创建目标目录
        os.makedirs(dst_path, exist_ok=True)
        
        # 复制文件到目标目录
        for file in files:
            src_file = os.path.join(root, file)
            shutil.copy(src_file, dst_path)

# 示例调用
src_dir = "path/to/source_directory"
dst_dir = "path/to/destination_directory"
copy_files(src_dir, dst_dir)

这个示例代码中，我们使用os.walk函数遍历源目录中的所有文件和子目录。对于每个子目录，我们首先获取其相对路径（相对于源目录），然后根据相对路径构建目标目录的路径，并使用os.makedirs函数创建目标目录。接着，我们遍历源目录中的所有文件，将每个文件复制到相应的目标目录中，使用shutil.copy函数实现文件的复制操作。

通过这种方式，我们可以保持输出路径的目录结构与输入路径相同，实现巴别输出。