要保持visNetwork中默认颜色集相同，即使存在缺少的分组，可以使用visNetwork包的colorFunction()函数来解决。

下面是一个包含代码示例的解决方法：

library(visNetwork)

# 创建一个简单的网络
nodes <- data.frame(id = 1:5, label = c("Node 1", "Node 2", "Node 3", "Node 4", "Node 5"))
edges <- data.frame(from = c(1, 1, 2, 3), to = c(2, 3, 4, 5))

# 指定节点和边的颜色
nodes$color <- c("red", "green", "blue", "yellow", "orange")
edges$color <- c("red", "green", "blue", "yellow")

# 创建visNetwork对象
visNetwork(nodes, edges) %>%
  # 设置节点和边的颜色
  visNodes(color = list(background = "gray", border = "black")) %>%
  visEdges(color = list(color = "gray")) %>%
  # 使用colorFunction函数来保持默认颜色集相同
  visOptions(colorFunction = I("function(){return 'gray';}"))

在上面的代码中，我们首先创建了一个简单的网络，包括节点和边。然后，我们为节点和边指定了颜色。接下来，我们创建了visNetwork对象，并使用visNodes()和visEdges()函数设置了节点和边的颜色。最后，我们使用visOptions()函数并将colorFunction参数设置为I("function(){return 'gray';}")，这将保持visNetwork中默认颜色集相同，即使存在缺少的分组。

运行以上代码，将会生成一个visNetwork图，其中节点和边的颜色都是灰色。这是因为我们使用colorFunction函数将所有未指定颜色的节点和边的颜色设置为灰色。这样，即使存在缺少的分组，我们也能保持visNetwork中默认颜色集相同。