保存多对多实体的问题可以通过中间表进行解决。以下是一个示例解决方法的代码示例：

假设有两个实体类：Student（学生）和Course（课程），它们之间是多对多的关系。

@Entity
public class Student {
    @Id
    private Long id;
    private String name;

    @ManyToMany
    @JoinTable(name = "student_course",
            joinColumns = @JoinColumn(name = "student_id"),
            inverseJoinColumns = @JoinColumn(name = "course_id"))
    private Set courses;

    // 省略构造方法和其他属性的getter/setter方法
}

@Entity
public class Course {
    @Id
    private Long id;
    private String name;

    @ManyToMany(mappedBy = "courses")
    private Set students;

    // 省略构造方法和其他属性的getter/setter方法
}

在上面的代码中，通过@JoinTable注解指定了中间表的名称为"student_course"，并通过joinColumns和inverseJoinColumns分别指定了中间表与Student和Course实体之间的关联关系。

现在，我们可以通过以下方式保存多对多关系：

Student student1 = new Student(1L, "John");
Student student2 = new Student(2L, "Jane");

Course course1 = new Course(1L, "Math");
Course course2 = new Course(2L, "English");

student1.getCourses().add(course1);
student1.getCourses().add(course2);
student2.getCourses().add(course2);

course1.getStudents().add(student1);
course2.getStudents().add(student1);
course2.getStudents().add(student2);

// 保存学生和课程
studentRepository.save(student1);
studentRepository.save(student2);

courseRepository.save(course1);
courseRepository.save(course2);

在上面的代码中，我们首先创建了两个学生和两门课程，并设置它们之间的关联关系。然后，通过调用save()方法将学生和课程保存到数据库中。

通过使用中间表，我们可以轻松地保存多对多实体之间的关联关系。