保护 Compute Engine 上的 MySQL 服务器可以采取以下解决方法：

1. 使用防火墙规则：在 Compute Engine 控制台中，创建一条防火墙规则，限制仅允许特定 IP 地址或 IP 范围访问 MySQL 服务器。以下是一个示例命令行代码：

gcloud compute firewall-rules create allow-mysql --allow tcp:3306 --source-ranges=YOUR_IP_RANGE

2. 使用 SSL 加密连接：对于通过网络访问的 MySQL 服务器，启用 SSL 加密可以提供额外的安全性。以下是一个示例命令行代码：

gcloud sql instances patch INSTANCE_NAME --require-ssl

3. 使用 VPC 网络：将 MySQL 服务器与其他服务隔离在一个专用的虚拟专用云（VPC）网络中。这可以防止公共互联网上的非授权访问。以下是一个示例命令行代码：

gcloud compute networks create my-vpc-network

4. 定期备份数据：定期备份 MySQL 数据库可以防止数据丢失和灾难恢复。可以使用 Cloud SQL 的自动备份功能或自行设置定期备份。以下是一个示例命令行代码：

gcloud sql backups create --instance=INSTANCE_NAME --description="Backup description"

5. 更新和维护：定期更新和维护 MySQL 服务器以获取最新的安全修补程序和功能更新。确保及时应用操作系统和 MySQL 的安全补丁。

请注意，以上示例代码中的 YOUR_IP_RANGE 和 INSTANCE_NAME 需要替换为适当的值。此外，还可以根据需求使用其他安全措施，如访问控制列表（ACL）、网络代理和监控等。