保护PDF文件并使用PDFBox进行“saveIncremental”操作的解决方法如下：

import org.apache.pdfbox.cos.COSDictionary;
import org.apache.pdfbox.cos.COSName;
import org.apache.pdfbox.pdmodel.PDDocument;
import org.apache.pdfbox.pdmodel.PDDocumentCatalog;
import org.apache.pdfbox.pdmodel.PDPage;
import org.apache.pdfbox.pdmodel.PDPageTree;
import org.apache.pdfbox.pdmodel.common.PDStream;

import java.io.File;
import java.io.IOException;

public class ProtectPDFAndSaveIncremental {
    public static void main(String[] args) {
        try {
            // 加载PDF文档
            PDDocument document = PDDocument.load(new File("input.pdf"));

            // 获取文档目录
            PDDocumentCatalog catalog = document.getDocumentCatalog();

            // 获取所有页面
            PDPageTree pages = catalog.getPages();

            // 循环遍历每个页面并进行保护设置
            for (PDPage page : pages) {
                // 获取页面内容
                COSDictionary dict = page.getCOSObject();

                // 创建新的内容字典
                COSDictionary newDict = new COSDictionary(dict);

                // 设置需要保护的权限，例如禁止打印和修改
                newDict.setItem(COSName.P, COSName.getPDFName("print"));
                newDict.setItem(COSName.P, COSName.getPDFName("modify"));

                // 更新页面内容字典
                page.setCOSObject(newDict);
            }

            // 保存受保护的PDF文档
            document.saveIncremental(new File("output.pdf"));

            // 关闭文档
            document.close();

            System.out.println("PDF文件保护并保存成功！");
        } catch (IOException e) {
            e.printStackTrace();
        }
    }
}

这段代码使用PDFBox库加载给定的PDF文件，然后遍历每个页面并设置保护权限。在这个例子中，我们设置了禁止打印和修改的权限。

最后，我们使用saveIncremental方法将受保护的PDF文档保存到指定的输出文件中。请确保将input.pdf替换为您要保护的实际PDF文件路径，将output.pdf替换为保存受保护PDF的输出路径。

请注意，这只是一个简单的示例，用于演示如何对PDF进行保护和使用PDFBox的saveIncremental方法。实际使用中，您可能需要根据具体需求进行更多的配置和处理。