在Entity Framework中，如果模型包含多个多对多关系，并且想要使用导航属性来访问关联的实体集合，可以采用以下解决方法。

示例模型：

public class Student
{
    public int StudentId { get; set; }
    public string Name { get; set; }
    public virtual ICollection Courses { get; set; }
}

public class Course
{
    public int CourseId { get; set; }
    public string Name { get; set; }
    public virtual ICollection Students { get; set; }
}

public class SchoolContext : DbContext
{
    public DbSet Students { get; set; }
    public DbSet Courses { get; set; }

    protected override void OnModelCreating(DbModelBuilder modelBuilder)
    {
        modelBuilder.Entity()
            .HasMany(s => s.Courses)
            .WithMany(c => c.Students)
            .Map(cs =>
            {
                cs.MapLeftKey("StudentId");
                cs.MapRightKey("CourseId");
                cs.ToTable("StudentCourse");
            });
    }
}

在这个示例中，一个学生可以选择多个课程，一个课程也可以有多个学生。使用Fluent API的HasMany和WithMany方法来定义多对多关系。Map方法用于定义中间表的键。

在使用导航属性访问多对多关系时，可以通过以下方式来查询和操作实体集合：

using (var context = new SchoolContext())
{
    // 查询某个学生选修的所有课程
    var student = context.Students.Include(s => s.Courses).FirstOrDefault(s => s.StudentId == 1);
    var courses = student.Courses.ToList();

    // 查询某个课程的所有学生
    var course = context.Courses.Include(c => c.Students).FirstOrDefault(c => c.CourseId == 1);
    var students = course.Students.ToList();

    // 添加一个学生选修的课程
    var newCourse = new Course { CourseId = 2, Name = "Math" };
    student.Courses.Add(newCourse);
    context.SaveChanges();

    // 删除一个学生选修的课程
    var courseToRemove = student.Courses.FirstOrDefault(c => c.CourseId == 2);
    student.Courses.Remove(courseToRemove);
    context.SaveChanges();
}

在上述代码中，Include方法用于加载关联的实体集合。通过导航属性Courses可以访问学生选修的课程，通过导航属性Students可以访问课程的学生。可以使用Add方法添加关联实体，使用Remove方法删除关联实体，并且在最后通过SaveChanges方法保存更改。