要包括子Snakefiles并生成它们的输出，可以使用Snakefiles的include指令。下面是一个示例解决方法：

1. 创建主Snakefile文件和两个子Snakefiles文件。

主Snakefile文件内容如下：

rule all:
    input:
        "output/file1.txt",
        "output/file2.txt"

include: "Snakefile1"
include: "Snakefile2"

子Snakefile1文件内容如下：

rule target1:
    output:
        "output/file1.txt"
    shell:
        "echo 'This is file 1' > {output}"

子Snakefile2文件内容如下：

rule target2:
    output:
        "output/file2.txt"
    shell:
        "echo 'This is file 2' > {output}"

2. 运行snakemake命令以生成输出文件。

在命令行中运行以下命令：

snakemake

Snakemake将会自动识别并运行主Snakefile以及包含的子Snakefiles，并生成输出文件"output/file1.txt"和"output/file2.txt"。

注意：主Snakefile和子Snakefiles需要在同一个目录下，并且主Snakefile中的include指令需要指定正确的子Snakefile文件名和路径。