您可以使用Bash的字符串替换功能来实现根据匹配的子字符串替换某一列中的整个字符串。下面是一个示例代码：

#!/bin/bash

# 输入文件名
file="input.txt"
# 匹配的子字符串
pattern="apple"
# 替换的字符串
replacement="orange"

# 读取文件中的每一行
while IFS= read -r line; do
  # 将行按照空格分割成数组
  words=($line)
  # 获取第二列的值
  col2=${words[1]}
  # 如果第二列的值匹配到了子字符串
  if [[ $col2 == *"$pattern"* ]]; then
    # 替换整个字符串
    new_col2=${col2//$pattern/$replacement}
    # 替换第二列的值
    line=${line/$col2/$new_col2}
  fi
  # 输出替换后的行
  echo "$line"
done < "$file"

假设input.txt文件内容如下：

1 apple 3
2 banana 4
3 apple 5
4 orange 6

运行以上代码将输出：

1 apple 3
2 banana 4
3 orange 5
4 orange 6

在这个示例中，我们读取了input.txt文件的每一行并按照空格分割成数组。然后，我们获取了第二列的值并检查是否包含匹配的子字符串。如果是，我们使用Bash的字符串替换功能将整个字符串替换为指定的字符串。最后，我们输出替换后的行。