在Shell脚本中，使用递归函数来比较嵌套文件夹中的文件并输出差异。可以使用基于md5的hash算法来比较两个文件是否相同。

代码示例：

#!/bin/bash

# 递归函数比较两个文件夹内容是否相同
function compare {
    local dir1=$1
    local dir2=$2
    for file1 in $dir1/*; do
        local file2=$dir2/$(basename $file1)
        if [[ -f $file1 ]]; then
            md5_1=$(md5sum $file1 | awk '{print $1}')
            if [[ -f $file2 ]]; then
                md5_2=$(md5sum $file2 | awk '{print $1}')
                if [[ $md5_1 != $md5_2 ]]; then
                    echo "不同的文件: $file1 $file2"
                fi
            else
                echo "文件不存在: $file2"
            fi
        elif [[ -d $file1 ]]; then
            if [[ ! -d $file2 ]]; then
                echo "目录不存在: $file2"
            else
                compare $file1 $file2
            fi
        fi
    done
}

compare dir1 dir2

其中，函数compare接受两个参数：要比较的两个文件夹的路径。首先比较两个目录下的文件是否存在差异，如果是文件，则使用md5算法计算两个文件的hash值并比较，如果不同，则输出两个文件名。如果是文件夹，则递归调用compare函数，比较文件夹下的内容是否相同。

例如，比较dir1和dir2两个文件夹的差异，可以在Shell中运行如下命令：

$ bash diff_nested_files.sh dir1 dir2

执行后将输出两个文件夹中内容的差异信息。