在Bash脚本中，我们可以使用关联数组来存储配置文件的键值对。而多维关联数组可以通过在关联数组的值中再次使用关联数组来实现。下面是一个示例代码来说明如何使用多维关联数组。

#!/bin/bash

# 定义一个多维关联数组
declare -A config

# 设置配置文件的键值对
config["section1,key1"]="value1"
config["section1,key2"]="value2"
config["section2,key1"]="value3"
config["section2,key2"]="value4"

# 获取配置文件的值
value1="${config["section1,key1"]}"
value2="${config["section1,key2"]}"
value3="${config["section2,key1"]}"
value4="${config["section2,key2"]}"

# 输出配置文件的值
echo "section1,key1: $value1"
echo "section1,key2: $value2"
echo "section2,key1: $value3"
echo "section2,key2: $value4"

在上面的示例中，我们使用declare -A命令来声明一个关联数组config。然后，我们使用config["section1,key1"]="value1"的形式来设置多维关联数组的值。我们可以通过config["section1,key1"]的形式来获取多维关联数组的值。

输出结果为：

section1,key1: value1
section1,key2: value2
section2,key1: value3
section2,key2: value4

这样，我们就可以在Bash脚本中使用多维关联数组来存储和获取配置文件的键值对了。