要解决“Bazel midl规则生成的C++头文件和winmd文件位于不同的文件夹中”的问题，您可以使用Bazel的自定义规则来实现。

首先，您需要定义一个自定义规则来生成C++头文件和winmd文件。以下是一个示例：

load("@bazel_tools//tools/build_defs/repo:git.bzl", "git_repository")

# 定义自定义规则
def midl_rule(name, srcs):
    # 编译C++头文件
    midl_cpp = rule(
        implementation = _midl_cpp_impl,
        attrs = {
            "srcs": attr.label_list(allow_files=True),
            "cpp_out": attr.output(),
        },
    )

    # 编译winmd文件
    midl_winmd = rule(
        implementation = _midl_winmd_impl,
        attrs = {
            "srcs": attr.label_list(allow_files=True),
            "winmd_out": attr.output(),
        },
    )

    # 生成C++头文件和winmd文件
    midl_cpp_result = midl_cpp(
        name = name + "_cpp",
        srcs = srcs,
    )

    midl_winmd_result = midl_winmd(
        name = name + "_winmd",
        srcs = srcs,
    )

    return [midl_cpp_result, midl_winmd_result]

# 实现C++头文件生成规则
def _midl_cpp_impl(ctx):
    inputs = ctx.files.srcs
    cpp_out = ctx.outputs.cpp_out

    # 执行生成C++头文件的命令
    ctx.actions.run(
        inputs = inputs,
        outputs = [cpp_out],
        executable = "midl",
        arguments = ["-cpp_out", cpp_out.path] + inputs,
    )

# 实现winmd文件生成规则
def _midl_winmd_impl(ctx):
    inputs = ctx.files.srcs
    winmd_out = ctx.outputs.winmd_out

    # 执行生成winmd文件的命令
    ctx.actions.run(
        inputs = inputs,
        outputs = [winmd_out],
        executable = "midl",
        arguments = ["-winmd_out", winmd_out.path] + inputs,
    )

然后，您可以在BUILD文件中使用自定义规则来生成C++头文件和winmd文件，并将它们放置在不同的文件夹中。以下是一个示例：

load("//path/to/midl_rule:defs.bzl", "midl_rule")

midl_rule(
    name = "my_midl_files",
    srcs = glob(["*.idl"]),
    cpp_out = "cpp_files",
    winmd_out = "winmd_files",
)

上述示例中，cpp_out和winmd_out参数可以用来指定生成的C++头文件和winmd文件的输出路径。

使用以上的自定义规则和示例代码，您可以将Bazel midl规则生成的C++头文件和winmd文件放置在不同的文件夹中。