在Bazel项目中，若要指定自定义package.json文件位置，需使用rules_nodejs规则，并且必须在nodejs_binary或nodejs_test规则中定义。

以下是示例代码，以演示如何解决此问题：

load("@npm//@bazel/ibazel:ibazel.bzl", "ibazel")

load("@npm_bazel_typescript//:index.bzl", "ts_library")

load("@io_bazel_rules_nodejs//nodejs/rules.bzl", "nodejs_binary")

ts_library(
    name = "index",
    srcs = glob(["*.ts"]),
    deps = [
        "@npm//typescript",
        "@npm//lodash",
    ],
)

nodejs_binary(
    name = "server",
    entry_point="server.js",
    data = glob(["**/*.yaml"])+glob(["**/*.json"]), # 可以让bazel可以正确的拷贝json/yaml文件到输出的binary目录下
    deps = [
        "//src:loadWithCustomPackageJson",
        "@npm//npm",
        "@npm//@babel/core",
        "@npm//@babel/preset-env",
    ]
)

此处，我们为我们的Bazel项目中的nodejs_binary规则定义了一个自定义的package.json文件。你可以看到在nodejs_binary规则中定义了一个自定义依赖loadWithCustomPackageJson，并且loadWithCustomPackageJson的依赖关系中包含了这个自定义的package.json文件。

通过以上解决方法，我们可以使用自定义的package.json文件并正确解析模块。