使用iText库可以遍历整个PDF文档并移除超链接（注释）下划线。以下是一个使用iText的Java代码示例：

import com.itextpdf.text.*;
import com.itextpdf.text.pdf.*;

import java.io.*;

public class RemoveUnderlineFromPDF {
    public static void main(String[] args) {
        try {
            // 读取PDF文件
            PdfReader reader = new PdfReader("input.pdf");

            // 创建一个新的PDF输出流
            FileOutputStream outputStream = new FileOutputStream("output.pdf");
            PdfStamper stamper = new PdfStamper(reader, outputStream);

            // 获取PDF中的页数
            int numPages = reader.getNumberOfPages();

            // 遍历每一页
            for (int i = 1; i <= numPages; i++) {
                // 获取当前页的注释
                PdfArray annots = reader.getPageN(i).getAsArray(PdfName.ANNOTS);

                // 如果页面没有注释，则继续下一页
                if (annots == null) {
                    continue;
                }

                // 遍历当前页的每个注释
                for (int j = 0; j < annots.size(); j++) {
                    PdfObject annotObj = annots.getPdfObject(j);

                    // 如果注释不是链接注释，则继续下一个注释
                    if (!annotObj.isDictionary() || !((PdfDictionary) annotObj).contains(PdfName.A)) {
                        continue;
                    }

                    // 获取注释的字典对象
                    PdfDictionary annotDict = (PdfDictionary) annotObj;

                    // 移除注释下划线样式
                    annotDict.remove(PdfName.S);
                }
            }

            // 关闭PDF流
            stamper.close();
            reader.close();
            outputStream.close();

            System.out.println("下划线已移除并生成新的PDF文件。");
        } catch (IOException | DocumentException e) {
            e.printStackTrace();
        }
    }
}

在这个示例中，我们首先使用PdfReader从现有的PDF文件中读取内容。然后，我们创建一个PdfStamper对象，它将用于修改PDF文件并生成新的PDF输出流。

接下来，我们遍历每一页，并获取每一页的注释。如果页面没有注释，则继续下一页。然后，我们遍历当前页的每个注释，并检查它们是否是链接注释。如果是链接注释，我们从注释的字典对象中移除下划线样式。

最后，我们关闭PDF流并输出新的PDF文件。

请注意，这只会移除注释下划线样式，并不会删除注释本身。如果需要完全删除注释，可以使用annotDict.removeFromParent()方法。

希望这个示例能帮助到你。