以下是一个示例程序，可以将代码文件复制到一个数组中，并将缩进保存到该数组中，然后将其写入到另一个文件中。

def copy_code_with_indentation(source_file, destination_file):
    # 打开源代码文件以读取内容
    with open(source_file, 'r') as f:
        # 逐行读取源代码文件，并将每行代码和缩进保存到数组中
        lines = []
        for line in f:
            code = line.rstrip()  # 去除行尾的换行符
            indentation = len(line) - len(code)  # 缩进长度等于总长度减去代码长度
            lines.append((code, indentation))

    # 打开目标文件以写入内容
    with open(destination_file, 'w') as f:
        # 将数组中保存的代码和缩进写入到目标文件中
        for code, indentation in lines:
            # 根据缩进长度添加相应的空格
            f.write(' ' * indentation + code + '\n')

# 测试
copy_code_with_indentation('source.py', 'destination.py')

在上面的示例中，我们定义了一个名为copy_code_with_indentation的函数，它接受两个参数：源代码文件路径和目标文件路径。函数首先打开源代码文件以读取内容，并使用rstrip方法去除每行末尾的换行符。然后，通过计算每行的总长度减去代码长度，得到缩进的长度，并将代码和缩进长度保存到一个数组中。接下来，函数打开目标文件以写入内容，并根据缩进长度添加相应数量的空格，将代码和缩进写入到目标文件中。

请注意，上述示例是使用Python编写的。如果你使用的是其他编程语言，你需要相应地进行调整。