在Java项目中，可以使用构建工具（如Maven或Gradle）来管理多个目录和依赖层次结构。下面是一个示例解决方案，使用Maven作为构建工具。

假设我们有一个Java项目，项目结构如下：

project
├─ src
│  ├─ main
│  │  ├─ java
│  │  │  └─ com
│  │  │     └─ example
│  │  │        └─ Main.java
│  │  ├─ resources
│  │  └─ webapp
│  └─ test
│     ├─ java
│     │  └─ com
│     │     └─ example
│     │        └─ MainTest.java
│     └─ resources
└─ pom.xml

其中，src/main/java目录包含主要的Java代码，src/main/resources包含资源文件，src/test/java包含测试代码，src/test/resources包含测试资源文件。

现在，假设我们的项目还依赖于第三方库，例如JUnit和Apache Commons。我们可以在pom.xml文件中定义这些依赖项：

  4.0.0
  com.example
  project
  1.0.0
  
    
      junit
      junit
      4.12
      test
    
    
      org.apache.commons
      commons-lang3
      3.12.0
    
  

上述代码中，我们将JUnit和Apache Commons的依赖项添加到了标签中。

通过使用Maven进行构建，我们可以在项目根目录下执行以下命令来编译和运行项目：

mvn compile

这将编译项目并将生成的类文件放置在target目录中。

要运行项目中的主类，可以执行以下命令：

mvn exec:java -Dexec.mainClass="com.example.Main"

这将运行com.example.Main类。

对于单元测试，可以执行以下命令：

mvn test

这将运行测试代码并生成测试报告。

通过使用构建工具和适当的配置，我们可以轻松地编译具有多个目录和依赖层次结构的Java项目。