要编译另一个TypeScript输出目录时不包含所有的引用，可以使用以下解决方法：

1. 使用tsconfig.json文件中的"exclude"属性来排除不需要编译的文件或目录。例如：

{
  "compilerOptions": {
    "outDir": "dist"
  },
  "exclude": [
    "node_modules",
    "dist"
  ]
}

在上面的例子中，"exclude"属性排除了node_modules和dist目录，不会对这些目录中的文件进行编译。

2. 使用--outDir标志在命令行中指定输出目录，并排除不需要编译的文件或目录。例如：

tsc --outDir dist --exclude node_modules,dist

在上面的例子中，--exclude标志排除了node_modules和dist目录，不会对这些目录中的文件进行编译。

3. 使用gulp、webpack等构建工具来进行编译和构建，可以更灵活地控制输出目录和排除文件。例如，使用gulp可以创建一个任务来编译TypeScript文件并指定输出目录，同时排除不需要编译的文件或目录。示例代码如下：

const gulp = require('gulp');
const typescript = require('gulp-typescript');

gulp.task('compile', function() {
  return gulp.src('src/**/*.ts')
    .pipe(typescript())
    .pipe(gulp.dest('dist'));
});

在上面的例子中，使用gulp-typescript插件来编译TypeScript文件，并将编译后的文件输出到dist目录中。可以根据需要在gulp.src()函数中添加排除规则。

使用上述解决方法之一，可以编译另一个TypeScript输出目录时排除不需要的引用文件。