编译NDK r12b时遇到从Eigen库中编译Matrix.h的问题的解决方法如下：

1. 首先，确保你已经正确地安装了Eigen库。你可以在官方网站（http://eigen.tuxfamily.org/）上下载最新版本的Eigen库，并将其解压到你的项目目录中。

2. 在你的项目中，创建一个名为"jni"的文件夹，并将Eigen库的路径添加到你的Android.mk文件中。你可以使用以下代码示例：

LOCAL_PATH := $(call my-dir)

include $(CLEAR_VARS)

# 添加Eigen库路径
EIGEN_INCLUDE := /path/to/eigen

LOCAL_MODULE    := your_module_name

# 添加你的源文件
LOCAL_SRC_FILES := your_source_file.cpp

# 添加Eigen库的头文件路径
LOCAL_C_INCLUDES += $(EIGEN_INCLUDE)

include $(BUILD_SHARED_LIBRARY)

3. 确保你的源文件中包含了正确的头文件。在你的源文件中，添加以下代码示例：

#include 

// 使用Eigen库中的Matrix类
Eigen::Matrix matrix;

4. 现在，重新编译你的项目。你可以使用以下命令：

ndk-build

这样，你的项目就会成功编译，并且你可以使用Eigen库中的Matrix类了。记得将"/path/to/eigen"替换为你的Eigen库的实际路径。