要在最终文件中包含DOCTYPE声明，可以通过在解析XML文件时使用外部实体来实现。以下是代码示例：

import java.io.File;
import java.io.FileWriter;
import java.io.IOException;

import javax.xml.parsers.DocumentBuilderFactory;
import javax.xml.parsers.DocumentBuilder;
import javax.xml.parsers.ParserConfigurationException;

import org.w3c.dom.Document;
import org.w3c.dom.Element;
import org.xml.sax.SAXException;

public class IncludeDOCTYPE {

    public static void main(String[] args) {
        try {
            // 读取XML文件
            File xmlFile = new File("input.xml");
            DocumentBuilderFactory factory = DocumentBuilderFactory.newInstance();
            DocumentBuilder builder = factory.newDocumentBuilder();
            Document doc = builder.parse(xmlFile);

            // 获取XML文件的根元素
            Element rootElement = doc.getDocumentElement();

            // 创建DOCTYPE声明
            String doctype = "";

            // 将DOCTYPE添加到最终文件中
            FileWriter writer = new FileWriter("output.xml");
            writer.write(doctype);
            writer.write("\n");
            writer.write(rootElement.toString());
            writer.close();

            System.out.println("成功生成包含DOCTYPE声明的最终文件。");

        } catch (ParserConfigurationException | SAXException | IOException e) {
            e.printStackTrace();
        }
    }
}

在上述示例中，我们首先使用DocumentBuilder类解析XML文件并获取根元素。然后，我们创建一个包含所需DOCTYPE声明的字符串。最后，我们将该字符串写入最终文件中，以确保生成的文件包含DOCTYPE声明。

请注意，此示例假设input.xml是要解析的XML文件，并且dtd.dtd是要包含的DOCTYPE声明的外部DTD文件。您需要根据实际情况修改文件名和路径。