在没有Shell的情况下合并文件，可以使用标准的Linux工具cat。cat命令用于连接文件并打印到标准输出。

以下是一个使用cat命令合并文件的示例代码：

#include 
#include 

int main() {
    FILE *output_file = fopen("output.txt", "w");
    if (output_file == NULL) {
        printf("Failed to open output file.\n");
        return 1;
    }

    FILE *input_file1 = fopen("input1.txt", "r");
    if (input_file1 == NULL) {
        printf("Failed to open input1 file.\n");
        fclose(output_file);
        return 1;
    }

    FILE *input_file2 = fopen("input2.txt", "r");
    if (input_file2 == NULL) {
        printf("Failed to open input2 file.\n");
        fclose(output_file);
        fclose(input_file1);
        return 1;
    }

    char c;
    while ((c = fgetc(input_file1)) != EOF) {
        fputc(c, output_file);
    }

    while ((c = fgetc(input_file2)) != EOF) {
        fputc(c, output_file);
    }

    fclose(output_file);
    fclose(input_file1);
    fclose(input_file2);

    return 0;
}

上述示例代码使用了C语言的文件操作函数fopen、fgetc和fputc来打开、读取和写入文件。程序将两个输入文件input1.txt和input2.txt的内容合并到输出文件output.txt中。

请注意，示例代码中的错误处理是基本的，可以根据实际需求进行修改和改进。

编译和运行示例代码可以使用以下命令：

gcc -o merge_files merge_files.c
./merge_files

这将生成output.txt文件，其中包含合并后的文件内容。