BigInteger是Java语言中提供的用于处理大整数的类，它可以处理比long类型更大的整数。由于BigInteger的底层实现是通过数组来存储整数的每一位，因此在进行大整数的操作时会比较耗时。下面是一些解决BigInteger操作运行时间较长的方法：

1. 避免不必要的BigInteger对象创建：BigInteger对象在进行操作时会创建新的对象，因此频繁地创建对象会增加额外的开销。如果可以的话，尽量复用已有的BigInteger对象，避免重复创建对象。

BigInteger num1 = new BigInteger("1234567890");
BigInteger num2 = new BigInteger("9876543210");
BigInteger result = num1.add(num2);

2. 使用适当的构造方法：BigInteger的构造方法有多种重载形式，其中一些构造方法的性能比较低。如果可以的话，尽量选择性能较好的构造方法。

BigInteger num1 = new BigInteger("1234567890"); // 性能较差
BigInteger num2 = BigInteger.valueOf(9876543210L); // 性能较好

3. 使用位运算代替BigInteger操作：在一些特定场景下，可以使用位运算来代替BigInteger操作，因为位运算的性能通常比较高。例如，计算两个大整数的和可以使用位运算实现。

long num1 = 1234567890L;
long num2 = 9876543210L;
long sum = num1 + num2;

4. 分割大整数进行部分操作：如果需要对大整数进行复杂的操作，可以将大整数分割为多个较小的整数进行部分操作，然后再将结果合并。

BigInteger num = new BigInteger("12345678901234567890");
int[] parts = splitIntoParts(num);
// 对每个部分进行操作
BigInteger result = mergeParts(parts);

综上所述，要提高BigInteger操作的运行时间，可以通过避免不必要的对象创建、使用适当的构造方法、使用位运算代替BigInteger操作，以及分割大整数进行部分操作等方法来优化代码。