在使用BigQueryIO进行查询时，可以使用选项来配置查询，但是有时需要在运行时动态设置这些选项的值。以下是一个示例代码，演示如何在运行时设置BigQueryIO中的选项值：

import org.apache.beam.sdk.Pipeline;
import org.apache.beam.sdk.io.gcp.bigquery.BigQueryIO;
import org.apache.beam.sdk.options.PipelineOptions;
import org.apache.beam.sdk.options.PipelineOptionsFactory;
import org.apache.beam.sdk.values.PCollection;

public class DynamicQueryOptionsExample {

  public static void main(String[] args) {
    // 创建 PipelineOptions 对象
    PipelineOptions options = PipelineOptionsFactory.fromArgs(args).create();

    // 创建 Pipeline 对象
    Pipeline pipeline = Pipeline.create(options);

    // 定义查询选项参数
    String query = "SELECT * FROM `project.dataset.table` WHERE column = @value";
    BigQueryIO.TypedRead read = BigQueryIO.readTableRows()
        .fromQuery(query)
        .withTemplateCompatibility();

    // 设置选项的默认值
    read = read.withQueryParameters(
        BigQueryIO.TypedRead.QueryParameters.newBuilder()
            .addPositionalParameter("value", "default_value")
            .build());

    // 在运行时设置选项的值
    PCollection results = pipeline.apply(read)
        .apply(ParDo.of(new DoFn() {
          @ProcessElement
          public void processElement(ProcessContext c) {
            String runtimeValue = getRuntimeValue(); // 使用自定义逻辑获取运行时的值
            BigQueryIO.TypedRead read = c.getPipelineOptions().as(BigQueryOptions.class)
                .getQueryReadOptions()
                .withQueryParameters(
                    BigQueryIO.TypedRead.QueryParameters.newBuilder()
                        .addPositionalParameter("value", runtimeValue)
                        .build());
            // 使用新的选项重新执行查询
            PCollection result = c.getPipeline().apply(read);
            // 处理查询结果
            // ...
          }
        }));

    // 运行 Pipeline
    pipeline.run();
  }

  // 自定义逻辑来获取运行时的值
  private static String getRuntimeValue() {
    // 返回动态设置的值
    return "runtime_value";
  }
}

在上面的示例代码中，首先创建了一个BigQueryIO读取操作（BigQueryIO.TypedRead），并设置了默认的查询选项值。

然后，在运行时使用c.getPipelineOptions().as(BigQueryOptions.class)获取到BigQueryOptions对象，并使用其getQueryReadOptions()方法获取到查询选项对象（BigQueryIO.TypedRead.QueryParameters）。然后，使用withQueryParameters()方法设置新的选项值。

接下来，将新的选项应用到新的查询中，并使用apply()方法重新执行查询，得到查询结果。

最后，可以在processElement()方法中处理查询结果，根据需要进行后续操作。

请注意，上面的示例代码仅用于说明概念，并未完整实现所有细节，您需要根据您的实际需求进行修改和适配。