要比较Java程序的输出值与文本文件中特定列中的现有值，并进行替换，可以按照以下步骤进行：

1. 读取文本文件：使用Java的文件读取方法，如BufferedReader类，逐行读取文本文件的内容。

BufferedReader reader = new BufferedReader(new FileReader("file.txt"));
String line;
while((line = reader.readLine()) != null) {
    // 处理每一行的内容
}
reader.close();

2. 分割每行的列值：根据文本文件中的列分隔符，使用Java的split()方法分割每一行的列值。

String[] columns = line.split(",");

3. 比较输出值和特定列值：根据需要比较的列索引，将输出值与特定列的值进行比较。

int columnIndex = 2; // 假设要比较的列索引为2
String outputValue = "output"; // 假设输出值为"output"
if(outputValue.equals(columns[columnIndex])) {
    // 进行替换操作
    columns[columnIndex] = "replacement";
}

4. 更新文本文件：在比较和替换完成后，将更新后的列值写回文本文件。

BufferedWriter writer = new BufferedWriter(new FileWriter("file.txt"));
for(String col : columns) {
    writer.write(col + ",");
}
writer.newLine();
writer.close();

完整的代码示例：

import java.io.*;

public class ReplaceValuesInTextFile {
    public static void main(String[] args) {
        try {
            BufferedReader reader = new BufferedReader(new FileReader("file.txt"));
            String line;
            while((line = reader.readLine()) != null) {
                String[] columns = line.split(",");
                int columnIndex = 2; // 假设要比较的列索引为2
                String outputValue = "output"; // 假设输出值为"output"
                if(outputValue.equals(columns[columnIndex])) {
                    // 进行替换操作
                    columns[columnIndex] = "replacement";
                }
                
                BufferedWriter writer = new BufferedWriter(new FileWriter("file.txt", true));
                for(String col : columns) {
                    writer.write(col + ",");
                }
                writer.newLine();
                writer.close();
            }
            reader.close();
        } catch (IOException e) {
            e.printStackTrace();
        }
    }
}

请注意，在更新文本文件时，可以选择覆盖原始文件或创建一个新文件来保存更新后的内容。上述示例代码中，使用了FileWriter类的构造函数中的第二个参数true，将文件追加模式设置为true，以便将更新后的内容追加到原始文件的末尾。如果不想追加内容，可以将true改为false，或使用其他方式处理文件更新。