以下是一个使用Python的示例代码，通过比较两个CSV文件并将行的差异输出到单独的文件中：

import csv

def compare_csv(file1, file2, output_file):
    with open(file1, 'r') as csvfile1:
        with open(file2, 'r') as csvfile2:
            csvreader1 = csv.reader(csvfile1)
            csvreader2 = csv.reader(csvfile2)
            diff_rows = []

            for row1, row2 in zip(csvreader1, csvreader2):
                if row1 != row2:
                    diff_rows.append([row1, row2])

            with open(output_file, 'w') as output_csv:
                csvwriter = csv.writer(output_csv)
                csvwriter.writerows(diff_rows)

# 示例用法
file1 = 'file1.csv'
file2 = 'file2.csv'
output_file = 'output.csv'
compare_csv(file1, file2, output_file)

在上面的示例中，我们使用Python的csv模块来读取和写入CSV文件。函数compare_csv接受两个文件名和一个输出文件名作为参数。它打开两个输入文件，逐行比较它们，并将差异的行写入到输出文件中。

请确保将file1.csv和file2.csv替换为您要比较的实际文件名，并将output.csv替换为您想要保存差异行的文件名。

请注意，这个代码示例假设两个CSV文件具有相同的行数和列数，并且行之间的顺序是一致的。如果需要处理不同大小或顺序的文件，请根据实际需求进行修改。