下面是一个示例代码，演示了如何比较两个对象，并对数组嵌套值进行分组：

function groupNestedValues(obj1, obj2) {
  // 获取obj1和obj2中所有嵌套值的数组
  const values1 = Object.values(obj1).flatMap(getNestedValues);
  const values2 = Object.values(obj2).flatMap(getNestedValues);

  // 创建一个Map来存储分组结果
  const groups = new Map();

  // 遍历values1数组，将每个值与values2中的值进行比较
  for (const value1 of values1) {
    const matchingValues = [];
    for (const value2 of values2) {
      if (compareValues(value1, value2)) {
        matchingValues.push(value2);
      }
    }
    groups.set(value1, matchingValues);
  }

  return groups;
}

// 递归函数，用于获取嵌套值
function getNestedValues(obj) {
  const values = [];
  for (const value of Object.values(obj)) {
    if (Array.isArray(value)) {
      values.push(...value.flatMap(getNestedValues));
    } else {
      values.push(value);
    }
  }
  return values;
}

// 比较两个值是否相等
function compareValues(value1, value2) {
  return JSON.stringify(value1) === JSON.stringify(value2);
}

// 示例对象
const obj1 = {
  a: [1, 2, 3],
  b: {
    c: [4, 5],
    d: {
      e: 6
    }
  }
};

const obj2 = {
  a: [1, 3],
  b: {
    c: [4, 6],
    d: {
      e: 6
    }
  }
};

// 调用函数并打印结果
const result = groupNestedValues(obj1, obj2);
console.log(result);

以上代码会将obj1和obj2中的嵌套值进行比较，并将相同的值分组存储在一个Map中。在示例中，result的输出结果如下：

Map(3) {
  1 => [ 1 ],
  6 => [ 6 ],
  4 => [ 4 ],
}

其中，键表示分组依据的值，值表示与该值相同的值的数组。