以下是一个使用Google Apps脚本比较两个二维数组，并将它们替换为空行的示例代码：

function compareAndReplaceArrayRows() {
  var sheet1 = SpreadsheetApp.getActiveSpreadsheet().getSheetByName("Sheet1");
  var sheet2 = SpreadsheetApp.getActiveSpreadsheet().getSheetByName("Sheet2");

  // 获取第一个二维数组的行数和列数
  var rows1 = sheet1.getLastRow();
  var columns1 = sheet1.getLastColumn();

  // 获取第二个二维数组的行数和列数
  var rows2 = sheet2.getLastRow();
  var columns2 = sheet2.getLastColumn();

  // 获取第一个二维数组的数据
  var data1 = sheet1.getRange(1, 1, rows1, columns1).getValues();

  // 获取第二个二维数组的数据
  var data2 = sheet2.getRange(1, 1, rows2, columns2).getValues();

  // 比较两个二维数组的行数
  if (rows1 === rows2) {
    // 遍历每一行
    for (var i = 0; i < rows1; i++) {
      // 比较每一行的数据是否相等
      if (JSON.stringify(data1[i]) === JSON.stringify(data2[i])) {
        // 如果相等，将第一个数组的该行替换为空行
        sheet1.getRange(i + 1, 1, 1, columns1).clearContent();
      }
    }
  }
}

请注意，在使用此脚本之前，您需要将“Sheet1”和“Sheet2”更改为您要比较的两个表格的实际名称。此脚本将遍历两个表格的每一行，并将与第二个表格相匹配的行在第一个表格中替换为空行。

要在Google Sheets中使用此脚本，请按照以下步骤操作：

1. 打开您想要比较和替换行的Google Sheets文档。
2. 点击“工具”菜单，然后选择“脚本编辑器”。
3. 将示例代码粘贴到脚本编辑器中。
4. 保存脚本并关闭脚本编辑器。
5. 返回到Google Sheets文档，然后刷新页面。
6. 单击“宏”菜单，然后选择“比较AndReplaceArrayRows”。
7. 等待脚本运行完成，它将比较两个表格的行并将匹配的行替换为空行。

请注意，此脚本假设两个表格的行数相同。如果行数不同，您可能需要对脚本进行修改以适应实际情况。