比较两个非常大的Excel表格可以使用以下步骤和代码示例：

1. 导入所需的库和模块：

import pandas as pd
from pandas import ExcelWriter
from pandas import ExcelFile

2. 读取两个Excel文件：

df1 = pd.read_excel('file1.xlsx')
df2 = pd.read_excel('file2.xlsx')

3. 比较两个表格的差异：

diff = df1.compare(df2)

4. 将比较结果保存到新的Excel文件中：

with ExcelWriter('comparison_result.xlsx') as writer:
    diff.to_excel(writer, sheet_name='Comparison Result', index=False)

完整的代码示例：

import pandas as pd
from pandas import ExcelWriter
from pandas import ExcelFile

# 读取两个Excel文件
df1 = pd.read_excel('file1.xlsx')
df2 = pd.read_excel('file2.xlsx')

# 比较两个表格的差异
diff = df1.compare(df2)

# 将比较结果保存到新的Excel文件中
with ExcelWriter('comparison_result.xlsx') as writer:
    diff.to_excel(writer, sheet_name='Comparison Result', index=False)

请确保将文件名替换为实际的文件名，并确保两个Excel文件的结构一致。此代码示例使用pandas库进行Excel文件的读取和比较，并使用ExcelWriter将比较结果保存到新的Excel文件中。