比较两个列表中的新旧项目的最高效方式是使用集合(Set)数据结构。集合是一种无序且不重复的数据结构，可以快速地进行成员关系判断和交集、并集、差集等操作。

下面是一个使用集合进行比较的代码示例：

def compare_lists(old_list, new_list):
    # 将两个列表转换为集合
    old_set = set(old_list)
    new_set = set(new_list)
    
    # 计算旧项目中被删除的项目
    deleted_items = old_set - new_set
    
    # 计算新项目中的新增项目
    added_items = new_set - old_set
    
    return deleted_items, added_items

# 示例数据
old_projects = ['Project A', 'Project B', 'Project C', 'Project D']
new_projects = ['Project B', 'Project C', 'Project E', 'Project F']

# 调用函数进行比较
deleted_items, added_items = compare_lists(old_projects, new_projects)

# 打印结果
print('Deleted items:', deleted_items)
print('Added items:', added_items)

输出结果：

Deleted items: {'Project D', 'Project A'}
Added items: {'Project E', 'Project F'}

这样，我们就可以快速地找到两个列表中的被删除和新增的项目。使用集合进行比较的优势在于其在平均情况下的时间复杂度为O(1)，因此可以快速地完成比较操作，适用于大型数据集的情况。