你可以使用Python中的difflib模块来比较两个设置文件的差异并替换不同之处。

下面是一个示例代码：

import difflib

def compare_and_replace(file1, file2):
    # 读取两个设置文件的内容
    with open(file1, 'r') as f1, open(file2, 'r') as f2:
        lines1 = f1.readlines()
        lines2 = f2.readlines()

    # 使用difflib模块的ndiff方法比较两个文件的差异
    diff = difflib.ndiff(lines1, lines2)

    # 生成差异结果并替换不同之处
    diff_result = list(diff)
    for i, line in enumerate(diff_result):
        if line.startswith('-') or line.startswith('+'):
            diff_result[i] = lines2[i]

    # 将替换后的结果写入新的文件
    with open('new_settings.txt', 'w') as new_file:
        new_file.writelines(diff_result)

# 示例调用
compare_and_replace('settings1.txt', 'settings2.txt')

这段代码将会读取settings1.txt和settings2.txt两个文件的内容，并使用ndiff方法比较差异。然后，根据差异结果，将settings2.txt中不同之处替换到差异结果中。最后，将替换后的结果写入一个名为new_settings.txt的新文件中。

你可以根据自己的需求修改文件名和路径，以及输出文件的名称。