在MongoDB中，可以使用聚合管道操作来比较两个数组并返回差异。下面是一个包含代码示例的解决方法：

假设有两个集合：collection1和collection2，每个集合包含一个名为"array"的字段，该字段是一个数组。

1. 使用$lookup操作将collection2与collection1进行左连接，关联字段为"array"。

db.collection1.aggregate([
   {
      $lookup:
         {
           from: "collection2",
           localField: "array",
           foreignField: "array",
           as: "matched_docs"
         }
   }
])

2. 使用$project操作过滤出没有匹配到的文档。

db.collection1.aggregate([
   {
      $lookup:
         {
           from: "collection2",
           localField: "array",
           foreignField: "array",
           as: "matched_docs"
         }
   },
   {
      $project:
         {
           _id: 0,
           array: 1,
           matched_docs: { $size: "$matched_docs" }
         }
   },
   {
      $match:
         {
           matched_docs: { $eq: 0 }
         }
   }
])

以上代码将返回在collection1中存在但在collection2中不存在的文档。可以根据需要进行调整和扩展。