您可以使用Python语言来比较两个特定键的JSON数组，并构建一个新的JSON数组，包括缺失键的值，并手动设置该值。下面是一个示例代码：

import json

def compare_json_arrays(json_array1, json_array2, key):
    new_json_array = []
    
    # 将json数组转换为Python对象
    array1 = json.loads(json_array1)
    array2 = json.loads(json_array2)
    
    # 遍历第一个json数组
    for item1 in array1:
        found = False
        
        # 遍历第二个json数组
        for item2 in array2:
            # 检查两个item是否具有相同的键值
            if item1[key] == item2[key]:
                found = True
                new_json_array.append(item2)
                break
        
        # 如果第一个json数组的键不在第二个json数组中, 则手动设置该值
        if not found:
            item1[key] = "缺失值"
            new_json_array.append(item1)
    
    # 将第二个json数组中剩余的元素添加到新的json数组中
    for item2 in array2:
        found = False
        
        for item1 in new_json_array:
            if item1[key] == item2[key]:
                found = True
                break
        
        if not found:
            new_json_array.append(item2)
    
    # 将新的json数组转换为JSON格式
    new_json = json.dumps(new_json_array)
    return new_json


# 示例用法
json_array1 = '[{"id": 1, "name": "Alice"}, {"id": 2, "name": "Bob"}]'
json_array2 = '[{"id": 2, "name": "Charlie"}, {"id": 3, "name": "David"}]'
key = "id"

result = compare_json_arrays(json_array1, json_array2, key)
print(result)

在上面的示例中，compare_json_arrays函数接受两个JSON数组和一个键作为参数。它首先将JSON数组转换为Python对象，然后使用两个嵌套的循环来比较两个JSON数组中的元素。如果元素具有相同的键值，则将第二个JSON数组中的元素添加到新的JSON数组中。如果元素在第二个JSON数组中不存在，则手动设置该值，并将元素添加到新的JSON数组中。最后，将新的JSON数组转换回JSON格式，并作为结果返回。

在示例用法中，我们比较了两个JSON数组json_array1和json_array2，并以id作为键。结果是一个包含所有元素的新的JSON数组。