要比较两个填满变量的PHP文件，并将一个文件中缺少的变量添加到另一个文件中，可以使用以下步骤来解决这个问题。

首先，我们假设有两个PHP文件：file1.php和file2.php。file1.php是需要检查缺少的变量的文件，而file2.php是需要添加缺少的变量的文件。

1. 读取file1.php和file2.php的内容：

$file1Content = file_get_contents('file1.php');
$file2Content = file_get_contents('file2.php');

2. 使用正则表达式找到file1.php中的所有变量：

preg_match_all('/\$([a-zA-Z_\x7f-\xff][a-zA-Z0-9_\x7f-\xff]*)/', $file1Content, $file1Variables);
$file1Variables = $file1Variables[1];

3. 使用正则表达式找到file2.php中的所有变量：

preg_match_all('/\$([a-zA-Z_\x7f-\xff][a-zA-Z0-9_\x7f-\xff]*)/', $file2Content, $file2Variables);
$file2Variables = $file2Variables[1];

4. 找到file1.php中缺少的变量：

$missingVariables = array_diff($file1Variables, $file2Variables);

5. 将缺少的变量添加到file2.php中：

foreach ($missingVariables as $variable) {
    $file2Content .= "\n\$".$variable." = null;";
}

6. 将更新后的file2.php保存：

file_put_contents('file2.php', $file2Content);

完成以上步骤后，file2.php将会包含file1.php中缺少的所有变量。

请注意，这只是一种基本的方法，可能无法处理更复杂的情况，比如变量名称的作用域和其他语法问题。因此，在实际应用中，您可能需要根据具体的需求进行修改和完善。